В първата редакция, романът е с различни варианти на името. Тя е унищожена от самия автор на 18 март 1930 г., след като разбира, че пиесата му „Кабала святош“ е забранена. Работата над „Майстора и Маргарита“ е възобновена през 1931 г. Втората редакция е писана до 1936 г., а третата, започната през втората половина на 1936 г., първоначално е наречена „Князът на мрака“, но още през 1937 г. се появява добре познатото ни сега заглавие „Майстора и Маргарита“.
За да достигне романът до читателите си, основна заслуга има съпругата на писателя Елена Сергеевна Шиловская, която в тежките сталински времена успява да запази ръкописа и го показва години по-късно на филолога А. З. Вулис. Потресеният Вулис разказва за находката си на много колеги, след което в литературна Москва започва да се говори за новооткрит велик роман. Това води до първата публикация в списание „Москва“ през 1966 г. в тираж 150 хил. екземпляра. В него има две предисловия – на Константин Симонов и на Вулис.
Редактираният текст на романа излиза самостоятелно през 1973 г., а окончателният текст е публикуван в пети том на събраните съчинения на Булгаков, издадени през 1990 г.